تبدأ القصة عند ذهاب المتحري سينشي وخطيبته الى مدينة الملاهي و هناك تحدث جريمة قتل وكان من المشتبهين بهم رجال يرتدون ملابس سوداء و يتمكن سينشي من حل القضية ومعرفة القاتل وفي طريق عودة سينشي وران الى المنزل رأى سينشي رجل يرتدي ملابس سوداء من الرجلان الذي راهما في موقع حدوث الجريمة فشكك في امره فتتبعه وكان هؤلاء الرجال يقومون بعملية مشبوهة فرأى احدهم سينشي فضربه على راسه و اعطاه العقار السام فتقلص جسمه و اصبح طفلا فذهب الى جاره الدكتور اغاسا فاخبره بما جرى وغير اسمه الى كونان ايدوجاوا و الدكتور اغاسا يحاول ان يخفي سر سينشى فيطلب من ران ان تأخد كونان ايدوجاوا ويعيش معها و مع والدها المتحري توغو موري ليبحث عن العصابة ذات الملابس السوداء ويأخذ الدواء المضاد ليعود الى حجمه الحقيقي ويساعد المتحري توغو موري في حل الجرائم المعقدة بمساعدة اختراعات الدكتور اغاسا ويذهب الى مدرسة تيتان الابتدائية ويتعرف على اصدقاء و يكون معهم فرقة تسمى فرقة المتحرين الصغار.